인허가조건 기부채납 시 세금계산서 발급여부 등

인허가조건으로 기부채납하는 시설물에 대하여는 부가가치세가 면제되고 해당 매입세액은 면세사업 관련 매입세액의 경우 공제되지 않는 것이나, 과세사업을 겸영하는 경우 관련 매입세액은 안분계산하는 것임

[회신] ○○경제자유구역의 개발사업 시행사 중 하나인 ◇◇공사(이하“공사”)가 □□택지지구 조성과 관련하여 ○○광역시 경제자유구역청(이하“경제청”)으로부터 인·허가를 받는 과정에서 시티타워 및 복합용지기반시설(이하“시티타워 등”)을 건설하여 경제청에 기부채납하기로 약정한 경우로서 공사가 경제청과 위수탁협약을 체결하여 시티타워 등을 건설할 사업자를 공모·선정하고 그 선정된 사업자는 공사가 기부채납하여야 할 시티타워 등을 건설하여 경제청에게 소유권이전등기를 하고 공사로부터 해당 건설비용 상당액을 지급받는 경우 공사는 위수탁협약에 따라 선정된 사업자로부터 교부받은 세금계산서를 근거로 경제청에게 세금계산서를 발급하지 않는 것이며, □□지구 개발사업을 수행하기 위해 시티타워 등을 건설하여 경제청에 기부채납하는 조건으로 인·허가를 득한 경우로서 기부채납에 상응하는 대가를 받지 아니한 경우 해당 기부채납에 대하여는 같은 법 제26조제1항제20호에 따라 부가가치세가 면제되어 경제청에 세금계산서를 발급하지 않는 것이고, 시티타워 등을 건설한 사업자로부터 수취한 세금계산서 관련 매입세액은 □□지구 개발사업이 토지의 개발 및 공급 등으로 면세사업에 해당하는 경우 관련 매입세액은 같은 법 제39조제1항제7호에 따라 공제하지 않는 것이나 부동산 임대업 등 과세사업을 겸영하는 경우 관련 매입세액은 같은 법 시행령 제81조에 따라 안분계산하는 것입니다. 다만, 과세사업 관련 매입세액이 토지의 자본적 지출에 해당하는 경우에는 매출세액에서 공제되지 아니하는 것입니다. 질의요지 ○ ◇◇ 공사가 ○○ 광역시 경제자유구역청과 위수탁협약을 체결하여 시티타워 등을 건설할 사업자를 공모·선정하고 그 선정된 사업자는 ◇◇ 공사가 기부채납하여야 할 시티타워 등을 건설하여 경제자유 구역청에게 소유권이전등기를 하고 한국토지 주택공사로부터 해당 건설비용 상당액을 지급받는 경우 1. ◇◇ 공사가 ○○ 광역시 경제자유구역청과의 위수탁협약에 따라 선정된 사업자로 부터 교부받은 세금계산서를 근거로 ○○ 광역시 경제자유구역청에게 세금 계산서를 발급해야 하는지 2. 시티타워 등의 소유권이 ○○ 광역시 경제자유구역청으로 이전될 때 ◇◇ 공사가 사실상 기부채납한 것으로 보아 경제청에게 세금계산서를 발급 해야 하는지 및 사업자 로부터 수취한 세금 계산서가 사업과 관련 이 있는 것으로 보아 매입세액 공제 가능한지 사실관계 󰊱 □□ 시티타워 및 복합시설 건설 프로젝트(이하 “본건 사업”)의 최초 사업구조 ○ ○○ 광역시 경제자유구역청(이하 “경제청”)은 ○○ 광역시 경제자유구역청 설치 조례 등에 따라 ○○ 경제자유구역 및 주변지역 개발 사업 및 투자 유치 등의 업무를 수행하고 있으며 - ◇◇ 공사 (이하 “ 공사 ”)는 ○○ 경제자유구역 내 □□ 지구의 개발사업 시행사 중 하나로 전체 □□ 지구의 약 90%의 시행을 담당하고 있음 ○ 공사 는 □□ 지구 택지 조성과 관련하여 경제청으로부터 인허가를 득하는 과정에서 시티타워 및 복합용지기반시설 * (이하 “시티타워 등”)을 건설하여 경제청에게 기부채납하기로 하였고 * 진입도로, 상수·오수시설 등의 기반시설 - 복합시설에 대한 건설은 경제청이 별도로 선정한 사업자가 시행하기로 하였음 󰊲 본건 사업의 사업구조변경 및 위수탁협약 체결 ○ 시티타워와 복합시설은 연접해 있는 시설로서 별도의 다른 건축물로 구분하기 어려워 공사 가 통합하여 개발사업에 대하여 발주 하고자 하였으나 - 기획재정부에서‘공사 는 계약목적물에 해당되지 않는 대상(복합시설)에 대하여 통합하여 발주할 수 없다’고 회신함에 따라 - 공사 와 경제청은 시티타워의 개발사업시행자를 공사 에서 경제청으로 변경하고 공사 가 경제청에게 시티타워 건설비용을 지급한다는 협약을 체 결하였음(’14.11.10.) ○ 이에 경제청은 시티타워 및 복합시설을 건설할 사업자를 공모하여 선정된 사업자가 시티타워를 건설하면 - 그 공사 진척도에 따라 공사 가 경제청에 해당 건설비용을 지급하고 경제청은 지급 받은 건설비용을 사업자에게 지급하는 방식으로 사업을 진행할 예정이었으나 -’15.7.24. 경제청은 건설비용 지급절차가 복잡하여 행정의 효율성을 위하여 시티타워 건설비용을 공사 가 사업자에게 직접 지급할 것을 요청하였고 공사 는 이에 동의하였음 ○ 경제청은 본건 사업을 위한 사업자 공모를 수차례 진행하였으나 해당 공모에 참여하는 기업이 없어 ’ 16.1.27. 공사 와 위·수탁 협약 (이하 “본건 위수탁협약”)을 체결하여 본건 사업의 사업자 공모 및 건설사업 관리 등의 업무를 공사 에게 위탁하였음 󰊳 본건 사업을 위하여 □□ 시티타워 주식회사 설립 ○ 위·수탁협약에 따라 LH는 사업자 공모에서 □□ 시티타워 주식회사 (이하 “SPC”)를 본건 사업의 사업자로 선정 * 하여 SPC와 ｢ □□ 국제 도시 시티타워 건설 프로젝트 사업 협약｣(이하 “본건 건설 협약”)을 체결하였으며 * 당초, 사업자로 선정된 것은 □□ 시티타워 컨소시엄(이하 “컨소시엄”)이며 SPC는 컨소시엄에서 설립한 법인임 - 경제청과 SPC는 ｢ □□ 국제도시 시티타워 관리·운영 프로젝트 사업협약｣ (이하 “본건 관리·운영협약”)을 체결하였음(’17.2.10.) ○ 본건 건설협약에 따르면 SPC 의 경우 시티타워 등 건설비용은 공사 로부터 지급받으나 복합시설 건설비용은 SPC가 부담하여 해당 사업과 관련된 건축물을 건설하며 - 건축물 완공 시 SPC 명의로 해당 건축물에 대한 소유권 보존 등 기를 함과 동시에 경제청으로 그 소유권이전 등기를 이행하여야 하고 - 본건 관리·운영협약에도 시티타워 등의 사용승인 후 SPC가 소유권 보존등기를 경료하고, 즉시 경제청이 소유권이전등기를 받을 수 있도록 조치하여야 함을 규정하고 있음 관련 법령 ○ 부가가치세법 제4조 【과세대상】 부가가치세는 다음 각 호의 거래에 대하여 과세한다. 1. 사업자가 행하는 재화 또는 용역의 공급 ○ 부가가치세법 제9조 【재화의 공급】 ① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도(引渡)하거나 양도(讓渡)하는 것으로 한다. ○ 부가가치세법 제10조 【재화 공급의 특례】 ⑦ 위탁매매 또는 대리인에 의한 매매를 할 때에는 위탁자 또는 본인이 직접 재화를 공급하거나 공급받은 것으로 본다. 다만, 위탁자 또는 본인을 알 수 없는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우에는 수탁자 또는 대리인에게 재화를 공급하거나 수탁자 또는 대리인으로부터 재화를 공급받은 것으로 본다. ○ 부가가치세법 시행령 제18조 【재화 공급의 범위】 ① 법 제9조제1항에 따른 재화의 공급은 다음 각 호의 것으로 한다. 3. 재화의 인도 대가로서 다른 재화를 인도받거나 용역을 제공받는 교환계약에 따라 재화를 인도하거나 양도하는 것 ○ 부가가치세법 제11조 【용역의 공급】 ① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다. 1. 역무를 제공하는 것 2. 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것 ○ 부가가치세법 제26조 【재화 또는 용역의 공급에 대한 면세】 ① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다. 20. 국가, 지방자치단체, 지방자치단체조합 또는 대통령령으로 정하는 공익단체에 무상(無償)으로 공급하는 재화 또는 용역 ○ 부가가치세법 제32조 【세금계산서 등】 ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다. (이하생략) ⑥ 위탁판매 또는 대리인에 의한 판매 등 대통령령으로 정하는 경우에는 제1항에도 불구하고 해당 재화 또는 용역을 공급하는 자이 거나 공급받는 자가 아닌 경우에도 대통령령으로 정하는 바에 따라 세금계산서 또는 전자세금계산서를 발급하거나 발급받을 수 있다. ○ 부가가치세법 제69조 【위탁판매 등에 대한 세금계산서 발급】 ① 위탁판매 또는 대리인에 의한 판매의 경우 수탁자 또는 대리인이 재화를 인도할 때에는 법 제32조제6항에 따라 수탁자 또는 대리인이 위탁자 또는 본인의 명의로 세금계산서를 발급하며, 위탁자 또는 본인이 직접 재화를 인도하는 때에는 위탁자 또는 본인이 세금 계산 서를 발급할 수 있다. 이 경우 수탁자 또는 대리인의 등록번호를 덧붙여 적어야 한다. ② 위탁매입·대리인에 의한 매입의 경우에는 법 제32조제6항에 따라 공급자가 위탁자 또는 본인을 공급받는 자로 하여 세금계산서를 발급한다. 이 경우 수탁자 또는 대리인의 등록번호를 덧붙여 적어야 한다. ⑤ 용역의 공급에 대한 주선·중개의 경우에는 제1항과 제2항을 준용한다. ○ 부가가치세법 제38조 【공제하는 매입세액】 ① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다. 1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다) ② 제1항제1호에 따른 매입세액은 재화 또는 용역을 공급받는 시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다. ○ 부가가치세법 제39조 【공제하지 아니하는 매입세액】 ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 4. 사업과 관련 없는 지출로서 대통령령으로 정하는 것에 대한 매입세액 7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입 세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액 ○ 부가가치세법 시행령 제81조 【공통매입세액 안분 계산】 ① 법 제40조에 따라 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우로서 실지귀속(實地歸屬)을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통 매입세액”이라 한다)이 있는 경우 면세사업등에 관련된 매입세액은 인원 수 등에 따르는 등 기획재정부령으로 정하는 경우를 제외하고 다음 계산식에 따라 안분하여 계산한다.(이하생략) ○ 국세기본법 제14조 【실질과세】 ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다. ② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.